Времяпролётная масс-спектрометрия с лазерной ионизацией и десорбцией из жидкой матрицы поможет идентифицировать питиоз

Болезнь все чаще регистрируется во всем мире, и большинство пациентов с питиозом подвергаются хирургическому удалению инфицированного органа.

В последнее десятилетие появился новый мощный диагностический инструмент для упрощения клинической идентификации многих патогенных микроорганизмов, включая бактерии и грибы, – времяпролётная масс-спектрометрия с лазерной ионизацией и десорбцией из жидкой матрицы (matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry - MALDI-TOF MS).

Ученые из Университета Махидола (Mahidol University; Бангкок, Таиланд) выделили в общей сложности 13 штаммов P. insidiosum от восьми человек и пяти животных с питиозом из разных географических местоположений; полученные штаммы были разделены на две группы. Все организмы поддерживались на сабуро-декстрозном агаре при 25 °С. Несколько небольших частей колонии каждого организма были перенесены в 50-миллилитровую колбу, содержащую 10 мл сабуро-декстрозного бульона, и инкубированы при 37 °С в течение одной недели, прежде чем грибковый материал для экстракции белка был собран.

Белок извлекался из организмов и экстрагированный белоксодержащий супернатант наносился на чистую пластину из шлифованной стали в 40 копиях (для получения базы данных MALDI-TOF MS P. insidiosum) или 5 копиях (для оценки MALDI-TOF MS на идентификацию P. insidiosum), после он был просушен на воздухе при комнатной температуре и покрыт 0,5 мкл матричного раствора. Шаблоны геномной ДНК (gDNA) экстрагировались из организмов и подвергались мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) на основе точечного нуклеотидного полиморфизма.

Ученые сообщили, что MALDI-TOF MS точно идентифицировала все 13 штаммов P. insidiosum, проверенные на уровне видов. Масс-спектры P. insidiosum не соответствовали каким-либо другим микроорганизмам, включая грибы (то есть виды Aspergillus, виды Fusarium и грибковые виды класса Zygomycetes), которые имеют сходные микроскопические морфологии с этим оомицетом. Методы биотипирования на основе секвенирования MALDI-TOF MS и rDNA согласованно классифицировали P. insidiosum на три группы: Clade-I (американские штаммы), II (азиатские и австралийские штаммы) и III (в основном тайские штаммы).

Авторы пришли к выводу, что MALDI-TOF MS была успешно использована для идентификации и биотипирования P. insidiosum. Полученная база масс-спектров позволяет клиническим микробиологическим лабораториям, хорошо оснащенным масс-спектрометром MALDI-TOF, удобно идентифицировать P. insidiosum, не требуя каких-либо патоген-специфических реагентов (т.е. антигены, антитела или праймеры). Исследование было опубликовано 6 сентября 2018 года в Международном журнале инфекционных заболеваний (International Journal of Infectious Diseases).

Ссылки по теме:
Университет Махидола