Молекулярные тесты являются эквивалентными анализу костного мозга на множественную миелому

Понимание обнаруживаемости и геномного соответствия ЦОК и вкДНК может сообщить об их использовании при управлении точной медициной для лечения опухолей.

Группа ученых, возглавляемая сотрудниками из Института раковых исследований Дана-Фарбер (Dana-Farber Cancer Institute; Бостон, штат Массачусетс, США), изучила вкДНК от 107 пациентов и ЦОК от 56 пациентов. Затем ученые сопоставили вкДНК с данными костного мозга от девяти пациентов и сравнили все три формы биопсии у четырех дополнительных пациентов. ДНК экстрагировали с использованием наборов циркулирующих нуклеиновых кислот из плазмы с объемом от 2 до 6 мл. ЦОК и клетки плазмы костного мозга были выделены с помощью отбора на частицах CD138 после центрифугирования с фиколлом цельной крови и образцов костного мозга соответственно. Для зародышевой ДНК использовали отрицательные фракции мононуклеарных клеток периферической крови.

Геномную ДНК экстрагировали с использованием набора для экстракции ДНК. Образцы были подготовлены для полногеномного секвенирования (ultra-low pass whole-genome sequencing - ULP-WGS) и до 96 библиотек были объединены и секвенированы с использованием 100 п.н. спаренных концов на дорожке 1× на HiSeq2500. Гибридный захват библиотек вкДНК был выполнен с использованием набора Illumina Nextera Rapid Capture Exome с заданными блокирующими олигонуклеотидами. Секвенирование было выполнено с использованием 100 п.н. спаренных концов на Illumina HiSeq4000 в высокопроизводительном режиме с двумя-четырьмя библиотеками на дорожку.

Исследователи сообщили об этом, используя ULP-WGS, и обнаружили, что обе опухолевые фракции коррелируют с прогрессированием заболевания. Применяя полноэкзомное секвенирование к вкДНК, ЦОК и соответствующим биопсиям опухолей, они обнаружили согласие в клональных соматических мутациях (~ 99%) и изменении числа копий (~ 81%) между жидкой биопсией и биопсией опухоли. Важно отметить, что анализ ЦОК и вкДНК вместе позволяет перекрестно проверять мутации, обнаруживать мутации, исключительные для ЦОК или вкДНК, и позволяет профилировать опухоли на основе крови у большей части пациентов. Исследование демонстрирует полезность анализа ЦОК и вкДНК вместе для выявления MM.

Медицинский онколог и старший автор исследования Ирэн Гобриал (Irene Ghobrial) сказала: "До сих пор у нас не было подходящего способа измерить, как клеточные популяции множественной миеломы развиваются от первичных стадий до диагностированных заболеваний, а затем реагируют на лечение. Теперь биопсии крови могут иметь огромное значение, расширяя наше понимание множественной миеломы и позволяя представить график того, как болезнь прогрессирует и реагирует на терапию". Исследование было опубликовано 27 апреля 2018 года в журнале Nature Communications.

Ссылки по теме:
Институт раковых исследований Дана-Фарбер