Белковая подпись влияет на исход при метастатической меланоме

Спектры были получены с использованием времяпролётной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF). Эти данные в сочетании с клиническими данными выявили пациентов с лучшими или худшими результатами. Тест был применен к пяти независимым пациентам.

Образцы обрабатывались с использованием стандартизованных рабочих процедур, и команда использовала метод масс-спектрометрии Deep MALDI на масс-спектрометре SimulToF для получения воспроизводимых масс-спектров из небольших количеств сыворотки, показывающих пики из более высокого диапазона распространения, чем это было возможно ранее, путем экспонирования образцов 400 000 импульсами лазера MALDI, по сравнению с несколькими тысячами, используемыми стандартно. Для этого анализа был применен дополнительный независимый справочный набор из 49 образцов сыворотки с данными соответствующей масс-спектрометрии и данными экспрессии белка из панели из 1,129 белков, измеренных SomaLogic.

Ученые обнаружили, что подпись, состоящая из 209 белков или пептидов, была связана с беспрогрессивной и общей выживаемостью в множественном анализе. Производительность тестирования среди проверочных когорт соответствовала результатам разрабатываемого набора. Объединенный анализ, стратифицированный по набору, продемонстрировал значительно лучшую общую выживаемость для "чувствительных" пациентов по отношению к "резистентным". Тест также был связан с выживаемостью в когорте пациентов, получавших ипилимумаб. Обнаружено, что классификация испытаний связана с острофазовыми агентами, комплементами и путями заживления ран.

Доктор философии Хайнрих Родер (Heinrich Roder), главный технический директор Biodesix, сказал: "Адаптация анализа представленности групп генов к данным о белках позволила идентифицировать биологические процессы, связанные с классификациями тестов. Информация, полученная из анализа обогащения белка, может помочь разработать методы лечения, преодолевающие первичную анти-PD-1-резистентность, путем добавления ингибирования активации комплемента, подавления заживления ран или подавления модуляции путей острой фазы методом блокирования IL6 и IL1. Эти данные могут указывать на то, что аналогичные механизмы резистентности могут работать в других типах опухолей и увеличивать вероятность того, что Biodesix сможет разработать тесты не только для меланомы". Исследование было опубликовано 5 декабря 2017 года в журнале Cancer Immunology Research.

Ссылки по теме:
Центра рака Perlmutter