Предшествующий курс лечения с целью коррекции кишечного микробиома позволяет прогнозировать инфекцию кровотока, связанную с проведением химиотерапии

Когда инфекция начинает развиваться, собственные иммунные системы пациентов уже истощены и часто не способны бороться с болезнетворными микроорганизмами, при этом антибиотики во многих случаях неэффективны.

Схемы применения антибиотиков значительно различаются в зависимости от того, в какой клинике назначается лечение; в некоторых медучреждениях всем пациентам дают профилактические антибиотики во время проведения им химиотерапии. В других клиниках профилактические антибиотики дают незначительному числу больных, потому что антибиотики могут привести к повышенной устойчивости к антибиотикам у пациентов. В настоящее время не существует никаких надежных способов прогнозирования, кто из пациентов заразится инфекцией кровотока.

Ученые из Миннесотского университета (Миннеаполис, штат Миннесота, США), сотрудничая с коллегами из Университетской клиники г. Нант (Франция), собрали образцы кала от 28 пациентов с неходжкинской лимфомой, прежде чем данные лица приступили к курсу химиотерапии. Геномная ДНК была извлечена с использованием комплекта QIAamp DNA Stool Minikit (компания Qiagen, Хильден, Германия), затем для каждого образца были амплифицированы гены 16S рибосомной рибонуклеиновой кислоты (рРНК) с использованием подходящего набора праймеров.

Пиросеквенирование было выполнено с использованием набора праймеров на приборе 454 Life Sciences Genome Sequencer FLX (компания 454 Life Sciences-Roche, Брэндфорд, штат Коннектикут, США) с применением титансодержащей химии в системе DNAVision (Шарлеруа, Бельгия). Используя вычислительные аппараты, команда в дальнейшем создала алгоритм, который может устанавливать при исследовании одной группы пациентов, какие бактерии являются полезными, а какие – вредными, и затем может определить приблизительно с 85%-й точностью, сможет ли новый пациент, который не наблюдался прежде, заразиться инфекцией.

Одиннадцать из 28 участников исследования заразились инфекцией кровотока после курса химиотерапии. Интересно отметить, но ученые обнаружили, что у этих пациентов были существенно отличающиеся составы кишечных бактерий по сравнению с пациентами, которые не заразились инфекциями. Они определили группу, состоящую из 13 микробов, различающихся среди пациентов, которые заразились и не заразились инфекцией кровяного русла. Более высокая численность Erysipelotrichaceae и Veillonella в образцах кала, собранных до начала лечения, обнаруживалась у пациентов, у которых была обнаружена инфекция кровяного русла, по сравнению с пациентами, у которых не развивалась последующая инфекция кровяного русла.

Дэн Найтс (Dan Knights), доктор философии, профессор и соавтор исследования, сказал: “Этот метод работал даже лучше, чем мы ожидали, потому что мы обнаружили закономерную разницу между кишечными бактериями у тех, кто заразился инфекциями, и теми, кто не заразился. Это исследование представляет собой предварительное доказательство того, что мы сможем использовать бактерии нашего кишечника, чтобы прогнозировать заражение инфекционными заболеваниями и, возможно, разрабатывать новые прогностические модели при других заболеваниях”. Исследование было опубликовано 28 апреля 2016 года в журнале Genome Medicine.

Ссылки по теме:
University of Minnesota
Nantes University Hospital
Qiagen
454 Life Sciences-Roche
DNAVision