We use cookies to understand how you use our site and to improve your experience. This includes personalizing content and advertising. To learn more, click here. By continuing to use our site, you accept our use of cookies. Cookie Policy.

Features Partner Sites Information LinkXpress
Sign In
Advertise with Us
Abbott Diagnostics

Download Mobile App




Образцы из хранилищ остаточной ткани подходят для протеомики на основе масс-спектрометрии

By LabMedica International staff writers
Posted on 27 Sep 2018
Print article
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Протеомика на основе масс-спектрометрии стала мощным инструментом для идентификации и количественной оценки белков из широкого круга биологических образцов.

Большинство исследований с использованием образцов тканей было проведено на проспективно собранных свежезамороженных или полученных при оптимальных температурах резки (OTР) залитых образцах. Тем не менее такие образцы часто трудно получить в условиях ограниченных ресурсов, и в действительности необходимая клиническая информация и результаты пациентов поступают с задержкой, по сравнению с образцами, полученными из биобанка.

Ученые из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (Pacific Northwest National Laboratory; Ричленд, штат Вашингтон, США) и их коллеги проанализировали 60 образцов пациентов, полученных при проведении программы "Наблюдения, эпидемиология и конечные результаты" (Surveillance, Epidemiology, and End Results - SEER), из хранилищ остаточных тканей Национального института рака, где содержатся образцы от более чем 100 000 больных раком. Также была собрана подробная демографическая информация, данные о характеристиках опухоли, лечении, выживании и причине смерти. 60 образцов варьировались по периоду их хранения от 7 до 32 лет.

Команда использовала 10-ступенчатую маркировку с помощью тандемных массовых тегов (tandem mass tag - TMT) и разделила каждый образец на шесть фракций, каждый из которых затем исследовался в процессе 100-минутного анализа нано-жидкостной хроматографии на инструменте Q-Exactive Plus. Для фосфопептидного анализа была использована афинная хроматография с обогащением на иммобилизованных ионах металла (Immobilized Metal Affinity Chromatography - IMAC). Обнаружилось, что все 60 образцов обеспечивали достаточный материал для анализа экспрессии белка, а 18 из 60 образцов обеспечивали достаточный материал для работы с фосфопептидом.

Исследователи идентифицировали и количественно оценили в общей сложности 8582 белка и 8073 фосфопептида в наборе образцов SEER, что указывает на то, что зафиксированная формалином и залитая парафином (ЗФЗП) ткань поддается масс-спектрометрическому анализу для протеомики. Идентификация белков была снижена по сравнению с идентификацией, возможной в сопоставимых образцах, полученных при ОТР и залитых компаундом. По сравнению с образцами ОТР, идентификация пептидов, белков и фосфопептидов была снижена на 50%, 20% и 76% соответственно.

Доктор философии Карин Д, Роланд (Karin D. Rodland), специалист по масс-спектрометрии и старший автор исследования, сказала: "В течение 12-15 лет были доступны коммерческие наборы для извлечения белков из блоков ЗФЗП, и, на первый взгляд, выходы белка из блоков ЗФЗП оказывались не так уж плохи. Но в то время у технологии масс-спектрометрии скорость идентификации была очень низкой. Вы просто не получали хороший выход протеома из блоков ЗФЗП. Высказывалось предположение, что сшивание с формалином приводило к утрате идентификации. Однако усовершенствования в технологии масс-спектрометрии обеспечили инструменты с более высокой чувствительностью и лучшим разрешением, которые способны работать с меньшим количеством образцов". Исследование было опубликовано 3 августа 2018 года в журнале Clinical Proteomics.

Ссылки по теме:
Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория


Print article

Channels

Copyright © 2000-2020 Globetech Media. All rights reserved.