We use cookies to understand how you use our site and to improve your experience. This includes personalizing content and advertising. To learn more, click here. By continuing to use our site, you accept our use of cookies. Cookie Policy.

Features Partner Sites Information LinkXpress
Sign In
Advertise with Us
Greiner Bio-One

Download Mobile App




Нанопоровое секвенирование позволяет проводить наблюдение за вспышками заболеваний

By Labmedica International staff writers
Posted on 22 Oct 2018
Print article
Ультранаправленный набор для подготовки библиотеки РНК NEBNext (фото любезно предоставлено New England Biolabs).
Ультранаправленный набор для подготовки библиотеки РНК NEBNext (фото любезно предоставлено New England Biolabs).
Вспышки лихорадки неизвестного происхождения начинаются с неспецифических симптомов, а методы определения заболевания развиваются и адаптируются медленно, поэтому выявление возбудителя имеет решающее значение для обеспечения надлежащих методов лечения и контроля.

В качестве альтернативного метода для полимеразной цепной реакции в молекулярной диагностике для идентификации патогена, ответственного за вспышку, может быть применена метагеномика путем секвенирования всех нуклеиновых кислот, присутствующих в экстракте образца. Полученные данные секвенирования могут идентифицировать новые или варианты известных агентов.

Международная группа научных сотрудников, возглавляемая учеными из Геттингенского университета (University of Göttingen; Гёттинген, Германия), изучила протокол секвенирования, основанный на изотермической амплификации с множественным вытеснением цепи и нанопоровом секвенировании, чтобы обеспечить идентификацию возбудителя в образце. Чтобы осуществить процедуру, был использован образец, состоящий из супернатанта из культуры тканей вируса Зика. Команда экстрагировала РНК и выполнила обратную транскрипцию, которая также элиминировала геномную ДНК, а затем был использован мРНК-набор NEBext для подготовки образца.

Группа сообщила, что эта процедура заняла менее семи часов, включая подготовку образца и анализ данных с использованием оффлайнового поиска BLAST. После секвенирования на MinIon был применен индивидуализированный биоинформатический процесс. Как правило, данные нанопорового секвенирования анализируются в облаке, но это невозможно в полевых условиях. Всего было извлечено 63 678 файлов с последовательностями, охватывающими около 10 000 оснований. Поиск BLAST показал наличие вируса Зика. Последовательности вируса Зика были идентифицированы примерно в 4% показаний.

Доктор философии Абд Эль Вайд (Abd El Wahed), старший автор исследования, сказал: "Одной из ключевых особенностей для секвенирования в полевых условиях было обеспечение возможности, чтобы все реагенты и оборудование могли оставаться в надлежащем состоянии без необходимости охлаждения или хранения во льду. Реагенты, выбранные учеными, могут использоваться при температуре 25 °C в течение одного дня, но для длительного хранения все равно будет необходим холодильник". Исследование было опубликовано в журнале Journal of Clinical Virology в сентябре 2018 года.

Ссылки по теме:
Геттингенский университет


Print article

Channels

Copyright © 2000-2019 Globetech Media. All rights reserved.