We use cookies to understand how you use our site and to improve your experience. This includes personalizing content and advertising. To learn more, click here. By continuing to use our site, you accept our use of cookies. Cookie Policy.

Features Partner Sites Information LinkXpress
Sign In
Advertise with Us
Eurofins Technologies

Download Mobile App




Секвенирование позволяет точно согласовывать переливание крови

By LabMedica International staff writers
Posted on 22 Aug 2018
Print article
Пакет для трансфузии, предназначенный для второй группы крови, резус-отрицательный (фото любезно предоставлено Sherry Yates Young).
Пакет для трансфузии, предназначенный для второй группы крови, резус-отрицательный (фото любезно предоставлено Sherry Yates Young).
Существует более 300 известных антигенов эритроцитов и 33 антигена тромбоцитов, которые различаются у каждого отдельного человека. Сенсибилизация к антигенам является серьезным осложнением, которое может возникнуть в пренатальной медицине и после переливания крови, особенно для пациентов, которым требуются множественные переливания.

Хотя тестирование на совместимость до переливания в значительной степени зависит от серологических методов, реагенты для многих антигенов недоступны. Были использованы методы, основанные на массивах одиночного нуклеотидного полиморфизма (ОНП), но типирование для ABO и резус-фактора, наиболее важных систем групп крови, не может быть выполнено с помощью ОНП-типирования.

Ученые из Женской больницы Бригама (Бостон, штат Массачусетс, США) и их коллеги создали базу данных о молекулярных изменениях в антигенах эритроцитов и тромбоцитов и разработали автоматизированный алгоритм антигенного типирования, основанный на полногеномном секвенировании (bloodTyper). Этот алгоритм был итерационно улучшен для решения проблемы двусмысленности цис-транс-гаплотипов и гомологичных выравниваний генов. Данные для определения цельного генома от 110 участников MedSeq (глубина секвенирования 30×) использовались для первоначальной проверки качества крови через сравнение с традиционными методами серологии и ОНП для набора 38 антигенов эритроцитов в 12 системах групп крови и 22 антигенов человеческих тромбоцитов. bloodTyper был дополнительно подтвержден данными полногеномного секвенирования от 200 участников INTERVAL (глубина секвенирования 15×) с серологическими сравнениями.

Ученые итерационно улучшили bloodTyper, сравнив результаты типирования с традиционным серологическим и ОНП-типированием в трех раундах тестирования. Первоначальный алгоритм типирования полногеномного секвенирования был на 99,5% согласован по первым 20 геномам MedSeq. Решение разногласий привело к разработке улучшенного алгоритма, который на 99,8% согласован с остальными 90 геномами MedSeq. Дополнительные модификации привели к окончательному варианту алгоритма, который был согласован на 99,2% по 200 геномам INTERVAL или 99,9% после корректировки для более низкой глубины охвата.

Авторы пришли к выводу, что благодаря более точному антигенному сопоставлению пациентов с донорами крови антигенное типирование, основанное на полногеномном секвенировании, обеспечивает новый подход к улучшению результатов переливания с возможностью трансформации практики трансфузионной медицины. Доктор философии Конни М. Уэстхофф (Connie M. Westhoff), сотрудник Нью-Йоркского центра крови (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США) и один из первых авторов исследования, сказала: "Этот подход может быть одним из первых обычных клинических применений геномики для медицинского ухода за пациентами, нуждающимися в переливании крови. Это может предотвратить серьезные или даже смертельные осложнения, потому что когда пациенты сенсибилизированы, у них имеется пожизненный риск гемолитической реакции при переливании крови, особенно если переливание крови требуется в чрезвычайной ситуации". Исследование было опубликовано 17 мая 2018 года в журнале The Lancet Hematology.

Ссылки по теме:
Женская больница Бригама
Нью-Йоркский центр крови



Print article

Channels

Microbiology

view channel
Image: Stenotrophomonas maltophilia colonies on sheep blood agar. Cultivation 48 hours in an aerobic atmosphere, 37 °C (Photo courtesy of microbiologyinpictures).

Global Spread of the Multi-Resistant Pathogen Stenotrophomonas Maltophilia Revealed

Stenotrophomonas maltophilia strains occur in several natural and human associated ecosystems. The bacterium was long regarded as relatively unproblematic, but is now considered to be one of the most feared... Read more
Copyright © 2000-2020 Globetech Media. All rights reserved.