Секвенирование позволяет точно согласовывать переливание крови

Существует более 300 известных антигенов эритроцитов и 33 антигена тромбоцитов, которые различаются у каждого отдельного человека. Сенсибилизация к антигенам является серьезным осложнением, которое может возникнуть в пренатальной медицине и после переливания крови, особенно для пациентов, которым требуются множественные переливания.

Хотя тестирование на совместимость до переливания в значительной степени зависит от серологических методов, реагенты для многих антигенов недоступны. Были использованы методы, основанные на массивах одиночного нуклеотидного полиморфизма (ОНП), но типирование для ABO и резус-фактора, наиболее важных систем групп крови, не может быть выполнено с помощью ОНП-типирования.

Ученые из Женской больницы Бригама (Бостон, штат Массачусетс, США) и их коллеги создали базу данных о молекулярных изменениях в антигенах эритроцитов и тромбоцитов и разработали автоматизированный алгоритм антигенного типирования, основанный на полногеномном секвенировании (bloodTyper). Этот алгоритм был итерационно улучшен для решения проблемы двусмысленности цис-транс-гаплотипов и гомологичных выравниваний генов. Данные для определения цельного генома от 110 участников MedSeq (глубина секвенирования 30×) использовались для первоначальной проверки качества крови через сравнение с традиционными методами серологии и ОНП для набора 38 антигенов эритроцитов в 12 системах групп крови и 22 антигенов человеческих тромбоцитов. bloodTyper был дополнительно подтвержден данными полногеномного секвенирования от 200 участников INTERVAL (глубина секвенирования 15×) с серологическими сравнениями.

Ученые итерационно улучшили bloodTyper, сравнив результаты типирования с традиционным серологическим и ОНП-типированием в трех раундах тестирования. Первоначальный алгоритм типирования полногеномного секвенирования был на 99,5% согласован по первым 20 геномам MedSeq. Решение разногласий привело к разработке улучшенного алгоритма, который на 99,8% согласован с остальными 90 геномами MedSeq. Дополнительные модификации привели к окончательному варианту алгоритма, который был согласован на 99,2% по 200 геномам INTERVAL или 99,9% после корректировки для более низкой глубины охвата.

Авторы пришли к выводу, что благодаря более точному антигенному сопоставлению пациентов с донорами крови антигенное типирование, основанное на полногеномном секвенировании, обеспечивает новый подход к улучшению результатов переливания с возможностью трансформации практики трансфузионной медицины. Доктор философии Конни М. Уэстхофф (Connie M. Westhoff), сотрудник Нью-Йоркского центра крови (Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США) и один из первых авторов исследования, сказала: "Этот подход может быть одним из первых обычных клинических применений геномики для медицинского ухода за пациентами, нуждающимися в переливании крови. Это может предотвратить серьезные или даже смертельные осложнения, потому что когда пациенты сенсибилизированы, у них имеется пожизненный риск гемолитической реакции при переливании крови, особенно если переливание крови требуется в чрезвычайной ситуации". Исследование было опубликовано 17 мая 2018 года в журнале The Lancet Hematology.

Ссылки по теме:
Женская больница Бригама
Нью-Йоркский центр крови