We use cookies to understand how you use our site and to improve your experience. This includes personalizing content and advertising. To learn more, click here. By continuing to use our site, you accept our use of cookies. Cookie Policy.

Features Partner Sites Information LinkXpress
Sign In
Advertise with Us
PURITAN MEDICAL

Download Mobile App




Технология Sequins представлена в качестве нового внутреннего контроля для улучшения геномного анализа

By LabMedica International staff writers
Posted on 08 Sep 2016
Print article
Sequins представляют собой маленькие фрагменты искусственной ДНК, предназначенные для добавления в качестве эталонного средства контроля к образцу ДНК во время секвенирования, которые помогут анализировать большие наборы данных, сформированные для геномного анализа. Технология основана на определении зеркальных отображений ДНК. Sequins-фрагменты по существу являются `зеркальными` отображениями естественных последовательностей ДНК. Они ведут себя как естественные последовательности ДНК, но могут быть легко узнаваемы как искусственные (фото любезно предоставлено Крисом Хэммангом (Chris Hammang), Институт медицинских исследований Гарвана).
Sequins представляют собой маленькие фрагменты искусственной ДНК, предназначенные для добавления в качестве эталонного средства контроля к образцу ДНК во время секвенирования, которые помогут анализировать большие наборы данных, сформированные для геномного анализа. Технология основана на определении зеркальных отображений ДНК. Sequins-фрагменты по существу являются `зеркальными` отображениями естественных последовательностей ДНК. Они ведут себя как естественные последовательности ДНК, но могут быть легко узнаваемы как искусственные (фото любезно предоставлено Крисом Хэммангом (Chris Hammang), Институт медицинских исследований Гарвана).
Исследователи разработали интуитивно понятную технологию под названием “Sequins” - искусственные “зеркальные” последовательности ДНК, которые отражают геном человека и могут использоваться для составления генетических карт, ориентирования и анализа сложности генома. В настоящее время технология геномного анализа человека Sequins широко доступна для исследований.

Ученые из Института медицинских исследований Гарвана (Дарлингхёрст, Сидней, штат Новый Южный Уэльс, Австралия) разработали новую технологию. “Секвенирование генома человека преобразовывает биомедицинские исследования и влияет на оказание медицинских услуг, — сказал доктор Тим Мерсер (Tim Mercer), который руководил разработкой Sequins. — И поскольку секвенирование генома все больше и больше используется, чтобы диагностировать заболевание, становится более важным, чем когда либо прежде, чтобы исследователи и врачи-клиницисты понимали точность геномных данных, которые они проверяют”.

Доктор Мерсер и его команда предложили добавлять sequins, маленькие фрагменты искусственной ДНК, к образцу ДНК пациента во время секвенирования. Эти sequins-фрагменты в дальнейшем выполняют функцию внутренних стандартов, помогая исследователям анализировать большие наборы данных, сформированные во время секвенирования генома. Технология основана на интуитивно простом принципе: на определении зеркальных отображений ДНК. “Sequins по существу являются «зеркальными» отображениями естественных последовательностей ДНК. Также, как и мы, геном имеет хиральность, и так же, как наша правая рука отличается от нашей левой руки, sequins-фрагменты отличаются от естественных последовательностей генома. Таким образом, sequins-фрагменты ведут себя точно так же, как естественные последовательности генома, но они могут быть легко узнаваемы как искусственные”, - сказал доктор Мерсер.

При добавлении к реакции секвенирования sequins-фрагменты осуществляют внутренний контроль, с помощью которого можно оценить чувствительность и точность секвенирования генома. “Целый ряд действий, сначала в лаборатории и затем на компьютере, требуется, чтобы выполнить секвенирование генома человека или генов, которые экспрессированы в различных клетках. Sequins-фрагменты находятся вместе с ДНК человека на каждом этапе: реагируя так же, как настоящая ДНК на каждом этапе, они все же безошибочно отличаются от той настоящей ДНК. Это позволяет ученому оценивать и оптимизировать эти различные этапы”.

Поскольку sequins-фрагменты добавлены к каждому отдельному образцу, они могут обеспечить оценку образца за образцом – того, что ранее не было возможно. “Sequins является первой технологией, которая позволит применять статистическое прогнозирование к каждому отдельному секвенированию генома, — сказал доктор Мерсер. — И мы ожидаем, что их использование улучшит надежность и чувствительность диагностики генетических заболеваний”.

Диагностика рака – это одна из областей, в которой использование Sequins должно привести к улучшениям. «Внедрение технологии Sequins в клинические тесты для диагностики рака повысит надежность вывода отдельных диагностических данных, уменьшая число ошибочных диагнозов и придавая врачам-клиницистам большую уверенность в выборе лучшего курса лечения для их пациента”, - сказал доктор Мерсер.

Использование Sequins также позволит напрямую сравнивать геномные данные, полученные от научно-исследовательских институтов и центров, выполняющих секвенирование, во всем мире. “Технология Sequins вводит секвенирование ДНК в качестве стандарта, применяемого в клиниках, и станет неотъемлемой платформой для геномного исследования и медицины, — сказал соавтор Джон Мэттик (John Mattick), профессор, исполнительный директор Института медицинских исследований Гарвана. — Это еще один важный шаг в продвижении миссии Института медицинских исследований Гарвана по введению использования методов геномики в клинике”.

Возможные области применения технологии Sequins многочисленны. Поскольку все геномы, от геномов бактерий до генома человека, имеют хиральность, sequins могут быть также разработаны для любого организма или любого направления практического применения секвенирования нового поколения.

Технология Sequins описана в двух взаимосвязанных исследованиях, проведенных Хардвиком С.А. (Hardwick S.A.) и соавторами и Девесоном И.В. (Deveson I.W.) и соавторами, оба были опубликованы 8 августа 2016 года в журнале Nature Methods.


Ссылки по теме:
Garvan Institute of Medical Research

Platinum Member
COVID-19 Rapid Test
OSOM COVID-19 Antigen Rapid Test
Specimen Collection & Transport
Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Test
GPP-100 Anti-CCP Kit
New
Gold Member
Fully Automated Cell Density/Viability Analyzer
BioProfile FAST CDV

Print article

Channels

Clinical Chemistry

view channel
Image: Reaching speeds up to 6,000 RPM, this centrifuge forms the basis for a new type of inexpensive, POC biomedical test (Photo courtesy of Duke University)

POC Biomedical Test Spins Water Droplet Using Sound Waves for Cancer Detection

Exosomes, tiny cellular bioparticles carrying a specific set of proteins, lipids, and genetic materials, play a crucial role in cell communication and hold promise for non-invasive diagnostics.... Read more

Molecular Diagnostics

view channel
Image: MOF materials efficiently enrich cfDNA and cfRNA in blood through simple operational process (Photo courtesy of Science China Press)

Blood Circulating Nucleic Acid Enrichment Technique Enables Non-Invasive Liver Cancer Diagnosis

The ability to diagnose diseases early can significantly enhance the effectiveness of clinical treatments and improve survival rates. One promising approach for non-invasive early diagnosis is the use... Read more

Hematology

view channel
Image: The low-cost portable device rapidly identifies chemotherapy patients at risk of sepsis (Photo courtesy of 52North Health)

POC Finger-Prick Blood Test Determines Risk of Neutropenic Sepsis in Patients Undergoing Chemotherapy

Neutropenia, a decrease in neutrophils (a type of white blood cell crucial for fighting infections), is a frequent side effect of certain cancer treatments. This condition elevates the risk of infections,... Read more

Pathology

view channel
Image: The OvaCis Rapid Test discriminates benign from malignant epithelial ovarian cysts (Photo courtesy of INEX)

Intra-Operative POC Device Distinguishes Between Benign and Malignant Ovarian Cysts within 15 Minutes

Ovarian cysts represent a significant health issue for women globally, with up to 10% experiencing this condition at some point in their lives. These cysts form when fluid collects within a thin membrane... Read more
Copyright © 2000-2024 Globetech Media. All rights reserved.